ESM Atlas, objavljen od strane Biohub-a (Chan Zuckerberg Initiative), sadrži 1,1 milijardu predviđenih struktura i podatke o 6,8 milijardi proteinskih sekvenci, većinom iz metagenomike. ESMFold2, model iza atlasa, tvrdi da poboljšava predviđanje kompleksa interagujućih proteina i je potpuno otvorenog koda. Naučnici vide veliki potencijal za istraživanja i dizajn proteina, ali naglašavaju potrebu za nezavisnom laboratorijskom verifikacijom ključnih predviđanja.
ESM Atlas: Novi AI objavio 1,1 milijardu predviđenih struktura proteina — otvoreni rival AlphaFoldu
The AI tool designed binders against Cytotoxic T-lymphocyte-associated protein 4 (CTLA-4).(Science Photo Library/Alamy)
Novi alat zasnovan na veštačkoj inteligenciji promenio je kartu poznatog sveta proteina: istraživači iz Biohub-a (Chan Zuckerberg Initiative) objavili su ESM Atlas, bazu koja sadrži 1,1 milijardu predviđenih proteinskih struktura i podatke o 6,8 milijardi proteinskih sekvenci.
Šta je ESM Atlas i ko stoji iza njega
Atlas je izrađen pomoću modela ESMFold2, koji su razvili naučnici iz Biohub-a u San Francisku. Preprint koji danas prati objavu tvrdi da ESMFold2 nadmašuje performanse najnovije verzije AlphaFold-a (AlphaFold3) u nekim zadacima, posebno pri predviđanju kompleksa interagujućih proteina.
Ključne prednosti i novine
ESMFold2 je zasnovan na velikom "jeziku proteina" koji je treniran na milijardama sekvenci iz svih grana života, uključujući obimne metagenomske podatke iz tla, okeana i drugih okruženja — tip podataka koji nedostaju u AlphaFold bazi. To je omogućilo pokrivanje značajnog dela dosad slabo karakterisanog proteinskog prostora.
Dizajn i laboratorijska potvrda
Autori izveštavaju da su pomoću ESMFold2 dizajnirali nova antitela i druge proteine koji ciljaju proteine povezane sa rakom i imunološkim poremećajima, pri čemu je značajan procenat dizajna uspešno funkcionisao u laboratorijskim testovima.
Mišljenja stručnjaka i ograničenja
Nekoliko eksperata hvali obim i otvorenost projekta. Alex Rives (Biohub) ističe da atlas otvara pristup "onim delovima proteinske biologije koji su do sada bili najnepoznatiji". Gemma Atkinson i Christine Orengo ocenjuju da atlas može ubrzati otkrića novih nabora i funkcija proteina.
Međutim, stručnjaci upozoravaju na potrebu nezavisne verifikacije predviđanja. Martin Steinegger podseća da ranija verzija ESMFold-a nije bila posebno precizna za neobične strukture iz metagenomskih podataka, pa ostaje pitanje koliko dobro ESMFold2 predviđa proteine koji su značajno različiti od ranije poznatih.
Sergey Ovchinnikov vidi ESM Atlas pre kao dopunu postojećim bazama (npr. AlphaFold) nego kao direktnu zamenu. Takođe se ističe da su i drugi open-source i vlasnički modeli napravili značan napredak u predviđanju kompleksa proteina, pa će direktna poređenja i nezavisne evaluacije biti važni.
Otvorenost i dostupnost
Veliki plus je što je ESMFold2 potpuno otvorenog koda i bez ograničenja za komercijalnu upotrebu, što bi moglo omogućiti široku primenu u istraživanju i industriji. Atlas će biti slobodno dostupan, što olakšava pristup metagenomskim otkrićima široj naučnoj zajednici.
Zašto je ovo važno
Veoma veliki skup predviđenih struktura i sekvenci može ubrzati otkrića u biologiji proteina, razumijevanje evolucije, otkrivanje novih terapeutskih meta i dizajn bioaktivnih molekula. Kao primer, autori su naveli otkriće strukturalnih sličnosti između CRISPR proteinskih komponenti i proteina za uređivanje gena pronađenog u zemljišnim gljivama 2023. godine.
Napomena: Iako su rezultati obećavajući, mnoge prognoze će zahtevati nezavisnu eksperimentalnu proveru pre nego što se koriste u kliničkim ili industrijskim aplikacijama.
Ovaj članak je zasnovan na preprintu i izjavama objavljenim 27. maja 2026. — ESM Atlas predstavlja značajan korak u mapi proteinskog sveta, ali konačnu vrednost atlasa pokazat će dalja validacija i usvajanje od strane zajednice.
Pomozite nam da budemo bolji.
